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Cet ancien blaugrana pose ses valises à Barcelone à l'été 2017.
Après avoir débuté en entraînant les jeunes de Bilbao, il parvient à en entraîner l'équipe première entre 2003 et 2005. Passé par l'Espanyol, c'est à l'Olympiakos qu'il connaît le succès avec un doublé Coupe-Championnat. Ernesto Valverde revient en Liga pour une courte durée puis repart chez l'Olympiakos où il remporte un nouveau doublé Coupe-Championnat. Il s'éloigne des terrains jusqu'à décembre avant de rejoindre Valence. Lorsqu'il quitte ses fonctions au sein du club che, il revient dans son club de coeur, à Bilbao.
En début de saison 2015/16, Valverde met fin à 31 ans sans titre pour l'Athletic Bilbao, en remportant la Supercoupe d'Espagne contre le Barça de Luis Enrique. Le 1er juin 2017, il est nommé entraîneur du FC Barcelone. Dès son arrivée, il impose son style et séduit les supporteurs.